Madrasah ini mendukung idea pembaharuan. Sekolah ini adalah madrasah pertama di Perak yang mendukung idea Islah. Oleh sebab pendirian "pembaharuannya", ia sering dikunjungi oleh tokoh-tokoh pembaharuan Islam, terutama oleh Syeikh Tahir Jalaluddin yang juga sahabat karib kepada Syeikh Juned. Di dalam madrasah ini pelajarnya bukan hanya ditumpukan kepada pengetahuan agama Islam tetapi juga meliputi pelajaran dan latihan kemahiran yang boleh dipergunakan untuk menampung keperluan hidup duniawi. Kepada murid juga diajarkan membuat kicap, kacang masin, bersawah, berkebun, membuat terompah (bagi pelajar lelaki-Yahyawiah) dan menjahit (bagi pelajar wanita-Diniah Puteri).

Pelajar yang semakin ramai mendorong masyarakat Islam di sekitar Padang Rengas untuk mendirikan madrasah seperti itu di kampung-kampung lain. Maka berdirilah cawangan Madrasah Diniah dengan nama yang berbeza tetapi dengan isi yang sama di berbagai-bagai tempat, seperti Madrasah al-Ridzuaniah di Padang Asam, Madrasah al-Falahiah di Kampung Buaya, Madrasah al-Nasriah di Padang Rengas, Madrasah al-Ijtihadiah di Kampung Gapis, Madrasah al-Hadi di Kampung Pauh, Madrasah al-Bakariah di Paya Lintah, Madrasah al-Zahiriah di Kampung Keruh Hilir, Madrasah al-Iqtisadiah di Kampung Keruh Hulu, dan Madrasah Sabiyah al-Ahmadiah di Kampung Laneh.

Pembaharuan Syeikh Juned mempunyai wajah lain jika dibandingkan dengan pembaharuan di Perlis. Jika Perlis banyak menumpukan perhatian kepada masalah khilafiah dan sunnah atau tidak sunnah, terutama di dalam ibadah, maka Syeikh Juned bertumpu pada pembangunan mental dan sikap. Beliau menekankan bagaimana semestinya seorang muslim itu berfikir, berjuang, dan berekonomi. Beliau tidak memilih jalan konfrontasi, meskipun beliau juga menentang bidaah, dan khurafat. Beliau lebih mengutamakan hikmah dan mauizah yang baik. Sebab itu beliau tidak menimbulkan ketegangan sosial.

Di sekolah yang ada di bawah bimbingannya, bukan hanya ilmu agama yang diajarkan, tetapi juga cara hidup yang baik secara berdikari. Menurut Datin Sakinah Syeikh Juned, Syeikh Juned sering mengingatkan masyarakat Islam dan pelajarnya: "Bagaimana kita hendak merdeka jika kita tidak sanggup berdikari dalam kehidupan kita".

Sebab itu beliau sentiasa menghidupkan semangat berdikari itu dalam kalangan pelajarnya, sesuai dengan ajaran Rasulullah s.a.w. Menurut beliau ekonomi umat Islam hanya dapat dibina jika mereka sanggup berdikari tanpa mengharapkan bantuan daripada orang bukan muslim. Kekuatan politik juga dapat ditegakkan jika ekonomi kuat.

Dengan menggalakkan umat Islam mewakafkan tanah dan harta, beliau berusaha untuk mewujudkan ekonomi Islam atas dasar bersama dan bantu membantu antara satu dengan lain. Di atas tanah yang diwakafkan, beliau telah mengambil inisiatif untuk memajukannya dengan menanam sayur-sayuran, buah-buahan, dan sebagainya. Beliau sendiri menunjukkan kepada pelajarnya teknik pertanian yang betul. Dari segi industri dan ekonomi beliau mempelawa beberapa orang pembatik dan pembuat terompah supaya datang ke [Padang Rengas]] dan membuka perusahaan di sini. Dan sebagai hasil daripada usaha ini, maka di Padang Rengas sendiri pada penghujung tahun tiga puluhan terdapat lebih kurang 30 buah kedai yang semuanya kepunyaan orang Melayu, terdiri daripada kedai kopi, kedai dobi, kedai getah, kedai runcit, kedai gunting rambut, dan lain-lainnya.

Kesan usaha ini menanamkan ke dalam jiwa dan semangat orang Islam percaya kepada diri sendiri dan keyakinan bahawa mereka juga boleh melakukan sebarang pekerjaan yang selama ini dikuasai oleh orang bukan Islam, asal saja ada kemahuan dan ada kesungguhan.

Kesan yang ketara pada masa itu, jumlah orang Melayu yang membeli di kedai Cina tidak sampai 20 peratus. Itu pun mereka lakukan apabila barang yang diperlukan itu kebetulan tidak ada di kedai Melayu. Bahkan orang Melayu telah berasa malu membeli di kedai Cina. Hal ini semua boleh berlaku berkat kejayaan pimpinan ulama dan tokoh yang bercita-cita pembaharuan Islam.